شهید سید محمد باقر صدر (رضوان الله تعالی علیه) یکی از اندیشمندان بزرگ جهان اسلام است که در حوزه تولید و تحول علوم اسلامی، گام هایی را برداشته اند. شهرت ایشان در این حوزه به خاطر نظریه «تفکیک علم از مکتب» است که پس از انقلاب اسلامی مورد توجه ویژه قرار گرفت. دراین نظریه که فقط نوعی نظارت مکتب بر علم پذیرفته شده، قسمت تجربی علوم انسانی و روش آن از مکتب و ارزش ها مستقل و بهره گیری ازثمرات علوم غربی البته با تغیراتی در روش آن( استقراء) مجاز شمرده می شود. ایشان مکتب را به عنوان شیوه حل مسائل علمی(مکتب به عنوان روش) و علم را توصیفی می دانند که فقط واقیعت عینی را گزارش می دهد، واقیعتی که حقیقت نما و منفک از مکتب و ارزشهاست. در حوزه مکتب و دین شناسی معتقدند: اسلام فضایی را در اختیار حاکم اسلامی قرداده تا با استفاده از کلیات احکام اسلامی و طبق شرایط زمان و مکان، به جعل احکامی برای اداره جامعه اقدام کند. در حوزه علم شناسی معتقدند: علم اسلامی در بستر جامعه اسلامی و بوسیله تجربه تولید می شود. بی تردید نگاه ایشان به مکتب و علم و رابطه این دو از مبانی فکری خاصی سر چشمه گرفته(معرفت شناسی، روش شناسی و جامعه شناسی) که در این مقاله به اصل نظریه تفکیک پرداخته شده، بحث از مبانی و تاثیر آن در نظریه تفکیک به فرصت دیگری نیازمند است. در انتهاء نیز به بعضی از اشکالات نظریه تفکیک اشاره شده است؛ عمده اشکال وارده در قسمت مکتب، عدم ارائه راهکار قاعده مند برای حاکم اسلامی در استنباط احکام شرعی در منطقه الفراغ است و در قسمت علم، میدان دادن بیش از حد به علوم تجربی مبتنی بر برداشت مادی از جهان و عدم توجه کافی به هستی شناسی و فلسفه حاکم بر چنین علومی است. این تفکر نیز ناشی از تعریفی است که ایشان از علم دارند (ابزار توصیف)، در حالی که این تعریف ناکافی بوده، باید بعد کاربردی و توصیه ای بودن علم، مورد توجه بیشتر ایشان قرار می گرفت.